Il primo nucleo abitato sorto sulle rive del rio salso era chiamato Rivo Salso, nome che deriva quasi sicuramente dalle acque salmastre del rio.
Attorno all'anno 1000 venne eretto un castello, Castrum Casale, a ponente della chiesa, in zona sopraelevata e ben difendibile.

Lungamente conteso fra Imolesi e Bolognesi, nel 1248 risulta sotto il dominio dei Bolognesi (cardinale Ottaviano Ubaldini), e nel 1292 sotto il dominio degli Imolesi ( casato degli Alidosi)

Nel 1404 è conquistato dai Bentivoglio e nel 1501 da Cesare Borgia, per poi passare definitivamente sotto il controllo della Santa Sede.

Dopo la Restaurazione, il papa Pio VII istituì il Comune di Casalfiumanese che con l'Unità d'Italia fu compreso nella Provincia di Bologna

Onorio II

Arturo Scannabecchi - papa dal 1126 al 1130.
Di lui si ricordano la scomunica a Corrado di Hohenstaufen sceso con il suo esercito alla conquista dell'Italia, e la "bolla al vescovo Bennone" per la concessione alla Chiesa imolese di castelli e rocche.

Luca Ghini

1490-1556 - Medico e botanico, profondo conoscitore di piante e scrittore di trattati rimasti inediti.
Fondatore degli orti botanici di Bologna e Pisa.